John Bunyan naît en 1628 dans une famille très modeste du hameau d’Harrowden (en), à Elstow (en), non loin de la ville de Bedford. Sa mère Margaret Bentley est la seconde femme de Thomas Bunyan. Celui-ci exerce la profession de chaudronnier ambulant. Malgré l’extrême pauvreté de ses parents, John Bunyan fréquente quelque temps l’école, où il apprend à lire et à écrire. Mais il abandonne très rapidement ses études pour commencer à travailler auprès de son père. Il raconte plus tard avoir rapidement perdu ce qu’il avait appris alors.
En 1666, dans son autobiographie spirituelle (Grace Abounding to The Chief of Sinners), John Bunyan décrit ses années de jeunesse comme dissolues et dépravées. Ses « malédictions, insultes, mensonges et blasphèmes du Nom Sacré de Dieu », le conduisent à subir à l’âge de 9 ou 10 ans d’horribles cauchemars sur l’enfer. Il vit alors dans la crainte constante de l’enfer et de ses démons qui travailleraient à l’emmener avec eux et il affirme qu’une voix lui répète souvent de « vendre le Christ ».
La guerre civile (1644-1649)
À 16 ans, en novembre 1644, pendant la première guerre civile, il rejoint les « Têtes Rondes », l’armée parlementaire.                 
Il est placé en garnison à Newport Pagnell, dans la compagnie du colonel Richard Cockayne. Bien que la victoire des Parlementaires à la bataille de Naseby en juin 1645 ait signifié la fin des hostilités, Bunyan reste encore deux ans dans l’armée, jusqu’à la démobilisation de son régiment le 21 juillet 1647.
Le rassemblement de ces hommes sous-payés – le retard dans le paiement des soldes atteignit 14 semaines – que le mécontentement gagne, provoque l’émergence d’une grande ferveur religieuse et attire de nombreux prêcheurs et prédicateurs de toute sorte. En octobre 1644, la ville compte jusqu’à sept théologiens ; on y prononce deux sermons par dimanche, plus un le jeudi et tous les matins avant la relève de la garde, on prie et lit un chapitre de la Bible. Les exégèses, prêches et sermons font rapidement leur chemin parmi les hommes qui constituent un foyer particulièrement vivace pour le développement des sectes. Nul doute que John Bunyan fut fortement influencé par ceux-ci.
Vie de famille
De retour au pays après sa démobilisation, John Bunyan reprend la profession de son père. Peu après son retour (la date exacte n’est pas connue, sans doute en 1649), il se marie. Le nom de sa première épouse ne nous est pas parvenu. Sa première fille, Mary, est baptisée le 20 juillet 1650. Mais cette petite fille naît aveugle. John, en plein doute théologique, ne peut avoir manqué d’y voir un signe de Dieu, une punition divine contre son impiété. Il craint d’avoir commis de tels péchés qu’il ne serait plus pardonnable par Dieu. Sa détresse théologique le conduit à s’ouvrir au discours des sectes telles que les Ranters et quakers. Leurs idées l’attirent et le convainquent presque mais elles ne peuvent fournir à Bunyan ce qu’il attendait sans doute le plus, l’assurance de son salut. Cette désillusion le conduit plus tard à tenir un discours très rude à l’égard des quakers.
Diacre baptiste (1653-1660)
Après ses nombreux conflits spirituels intérieurs et plusieurs années de doute, John Bunyan rejoint la congrégation baptiste de l’église Saint Jean de Bedford en 1653. Cette communauté croyait au droit de chaque congrégation à suivre sa propre politique religieuse. En 1655, il s’établit à Bedford et est nommé diacre par le charismatique meneur de cette congrégation, le pasteur John Gifford, peu avant la mort de celui-ci. L’influence de Gifford sur John Bunyan et son œuvre ultérieure est indéniable. Peu de temps après son arrivée à Bedford, sa première femme décède, laissant John seul avec ses quatre enfants.
Ses années de doute et de lutte spirituelle interne et son cheminement qui l’amène vers la foi lui permettent d’écrire quelques années plus tard l’allégorie The Pilgrim’s Progress sur base de sa propre expérience spirituelle. Cette lutte, il l’exprime aussi en devenant petit à petit, après la mort de John Gifford, un prêcheur important dans sa communauté. Les sermons l’aident à sortir de sa crise spirituelle, c’est pour lui une sorte de thérapie. Bunyan lui semble plutôt percevoir son talent pour la prédication comme un don de Dieu qu’il se doit d’exploiter à la gloire de Celui-ci. Dans ses sermons, John Bunyan attaque durement les Ranters et les quakers. Sa lutte par pamphlet et sermon interposé avec un jeune quaker, Edward Burroughs, et leurs débats passionnés établissent la réputation de John. En 1657 il est formellement désigné par sa congrégation comme prêcheur attitré.
John Bunyan assume pleinement sa fonction tandis que ses détracteurs se font plus nombreux et qu’un premier avertissement sous forme d’une inculpation qui semble être restée sans suite, lui est adressé en 1658.
Incarcération (1660-1672)
La restauration de la monarchie et l’accession au pouvoir du roi Charles II en 1660 entrave la relative liberté religieuse du Commonwealth. Charles II tente de restaurer l’unité religieuse du pays au détriment des mouvements dissidents comme celui dont fait partie John Bunyan. Bunyan est arrêté en 1660, on lui reproche de prêcher en public et de tenir des réunions illégales. Ses antécédents de partisan de l’armée parlementaire et son refus catégorique de cesser de prêcher, mission pour laquelle Dieu l’aurait investi, ne jouent pas en sa faveur. Il est condamné en janvier 1661 à une peine de trois mois de prison et au bannissement perpétuel du royaume s’il refuse de cesser de prêcher ou s’il n’assiste pas à la messe dominicale après sa sortie de prison. Ce jugement n'est pas appliqué comme tel mais il reste douze ans en prison.
Les conditions de détention de Bunyan varient en fonction de la situation politique. Il est en effet plusieurs fois autorisé à quitter la prison pour prêcher et va même jusqu’à Londres. Il reçoit également de nombreuses visites. Mais ses adversaires, lorsqu’ils l’apprennent, tancent vertement son gardien et rendent plus strictes ses conditions de détentions. En 1666, il est libéré quelques semaines mais rapidement réincarcéré car il ne peut se résoudre à cesser sa prédication. Durant son emprisonnement il est autorisé à écrire et à publier ses ouvrages. La plupart de ses œuvres littéraires sont d’ailleurs écrites au cours de ces douze années de prison.
Durant les six premières années de détention il écrit des œuvres en prose comme Of the Resurrection of the Dead, The Holy City (1665) et Grace Abounding to the Chief of Sinners (1666) mais aussi de la poésie avec Profitable Meditations (1661), Prison Meditations (1663), One Thing is Needful et Ebal and Gerizzim (1665).
Après 1666 cependant et jusqu’en 1674, il ne publie plus rien. En effet, la persécution semble à cette période s’aggraver et l’œuvre de Bunyan rencontrer plus d’inimitié ; la boutique de l’éditeur de Bunyan est pillée en 1666. John Bunyan ne s’arrête sans doute pas d’écrire pour autant et il est possible qu’il ait déjà travaillé à cette époque sur son ouvrage le plus célèbre, The Pilgrim’s Progress.
Pasteur de Bedford
En 1672, il est libéré selon les termes de la déclaration d'indulgence de Charles II. Il reçoit également l’autorisation de prêcher et est appelé à devenir pasteur de l’église de Bedford. Sa réputation toujours grandissante attire les foules et ses nombreux déplacements dans les alentours de Bedford ne font que l’augmenter. Mais en 1675, la situation lui devient à nouveau défavorable et il est appelé à comparaître devant la cour de l’archidiacre pour avoir manqué à ses obligations paroissiales. Il préfère se cacher plutôt que de se présenter et son cas est alors transféré devant une cour gouvernementale. John Buyan est arrêté et incarcéré de décembre 1676 à juin 1677. Peu après sa sortie de prison il publie The Pilgrim progress from this world to that which is to come : delivered under the similitude of a dream qui connaît très vite un très grand succès. Cette réussite l’amène à écrire d’autres allégories religieuses comme The Life and Death of Mister Badman (1680) qui se veut le parallèle du Pilgrim’s Progress mais aussi The Holy War où il exploite son expérience de soldat pour décrire les attaques du diable contre la ville de Mansoul (1682).
Sa popularité ne cesse de croître et ses sermons rassemblent toujours une forte assemblée jusqu’à sa mort en 1688 d’une pneumonie contractée lors d’une forte tempête.